卓和藥業集團堅持“研發創新是企業發展的源泉”的理念，建立以企業為主體，產學研相結合的自主研發體系。集團研發中心擁有獨立實驗大樓，包括合成研究室、微生物研究室、制劑研究室、分析研究室、臨床部、注冊部和中試基地等專業研發平臺，涵蓋了公司的新藥劑型、主要適應癥的創新需求，以集團研發為需求主體，聯合研發機構和高校形成了較為完整的外部研發合作體系，結合企業傳統技術優勢和未來經營方針開發有卓和特色的內部研發平臺，經過多年技術沉淀，形成了分工明確、高效協作的研發體系，為產品研發奠定了堅實的基礎。同時以各子公司傳統技術優勢方向作為研發戰略基礎，建立無錫福祈制藥有限公司、江蘇四環生物制藥有限公司和廣西清之品制藥有限責任公司新產品開發部等分中心。
研發中心現有科研人員60余名，專業涉及化學、生物、藥學、藥理、分析、醫學、臨床等多個領域，其中博士、碩士人員占40%以上，高中級科研人員占60%以上，同時聘請了多位國內頂尖專家學者作為研發專家顧問。
公司年研發投入超過億元，擁有藥物合成、藥物制劑、藥物分析和知識產權管理等多個學科專業化的研發創新能力，研發中心在研項目60多項，涉及抗風濕、免疫調節、抗結核、腫瘤、感染、心腦血管等疾病領域。目前，公司已研制新藥數十個，國內外發明專利授權22項，在研項目43項，已申請發明專利100余件。
卓和藥業集團視質量為企業的生命，制定了高于國家法定標準的產品質量內控標準。嚴格執行GMP、GSP等國際行業規范，擁有10次歐盟GMP認證經驗，曾榮獲“2016年度中國醫藥質量管理獎”，并在2017年和2019年2次通過FDA檢查。
